南京军区南京总医院是一所医教研协调发展的大型综合性医院。1994年首批被评为“三级甲等医院”，1999年获得“全国百佳医院”称号，2000年经人事部批准，在全国医院系统首家设立博士后科研工作站，2002年被批准独立招收博士后。2003年7月，医院内科学、外科学被国务院学位委员会、教育部批准为博士学位授予权学科。同年医院荣获“全国拥政爱民模范单位”称号。2004年成为军队博士后管理信息中心。